Das Musiktheater des 20. und 21. Jahrhunderts bildet den Schwerpunkt in der bisherigen Laufbahn des Salzburgers Gottfried Pilz. Er ist international tätig, so wurde Hans Werner Henzes Neufassung seiner Oper DER PRINZ VON HOMBURG für München und Zürich, Gent/Antwerpen, Charleston (USA) und London herausgebracht und als Film aufgezeichnet. Produktionen mit Götz Friedrich in Berlin wurden in Tel Aviv und Japan gezeigt. Zusammen mit Götz Friedrich erarbeitete er auch die erste RING-Inszenierung in der Geschichte der Finnischen Nationaloper Helsinki, die im Mai 1999 mit der GÖTTERDÄMMERUNG abgeschlossen wurde. Für den Film-Regisseur William Friedkin (The Exorcist, French Connection) stattete er einen Doppelabend mit Bartóks HERZOG BLAUBARTS BURG und Puccinis GIANNI SCHICCHI aus. Zuerst bekannt wurde er durch seine enge Zusammenarbeit mit John Dew in Bielefeld. Seit 1990 arbeitet er kontinuierlich in Schauspiel und Oper mit Günter Krämer in Köln, bei den Wiener Festwochen, in Berlin, Hamburg und Paris.
1993 führte er zum ersten Mal Regie, z. B. inszenierte er mit großem Erfolg Tschaikowskys PIQUE DAME an der Oper Los Angeles oder die Deutsche Erstaufführung von Messiaens Mammutwerk SAINT FRANCOIS D'ASSISE in Leipzig in eigener Ausstattung und mit Jiri Kout am Pult. Im Frühjahr 1999 setzte er bei der Münchner Biennale die Uraufführung von Babette Koblenz' RECHERCHE in Szene, die auch vom Fernsehen aufgezeichnet wurde.
Weitere Engagements u.a. in Madrid, bei den Salzburger Festspielen und an der New Yorker Metropolitan Opera. Aufsehen erregte er mit seinem Todesprojekt, einer szenischen Realisation von In hora mortis (Musik: Hans-Jürgen von Bose nach Texten von Thomas Bernhard) und Das Buch mit sieben Siegeln von Franz Schmidt. Gottfried Pilz entwarf außerdem Kinderbücher und trat mit zahlreichen Ausstellungen wie »Reflexe« und »Ausgrenzen« hervor.